Surveillance of Shiga toxin-producing Escherichia coli associated bloody diarrhea in Argentina / Vigilancia de diarrea sanguinolenta asociada a Escherichia coli productor de toxina Shiga en Argentina

Abstract In Argentina, hemolytic uremic syndrome (HUS) caused by Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC-HUS) infection is endemic, and reliable data about prevalence and risk factors have been available since 2000. However, information about STEC-associated bloody diarrhea (BD) is limited. A prospective study was performed during the period October Surveillance; 2018-June 2019 in seven tertiary-hospitals and 18 referral units from different regions, aiming of STEC-HUS cases in the same hospitals and during the same period were also assessed. Twenty-nine (4.1%) of the BD patients were STEC-positive, as determined by the Shiga Toxin Quik Chek (STQC) test and/or the multiplex polymerase chain reaction (mPCR) assay. The highest fre-quencies were found in the Southern region (Neuquén, 8.7%; Bahía Blanca, 7.9%), in children between 12 and 23 month of age (8.8%), during summertime. Four (13.8%) cases progressed to HUS, three to nine days after diarrhea onset. Twenty-seven STEC-HUS in children under 5 years of age (77.8%) were enrolled, 51.9% were female; 44% were Stx-positive by STQC and all by mPCR. The most common serotypes were O157:H7 and O145:H28 and the prevalent geno-types, both among BD and HUS cases, were sfx2a-only or -associated. Considering the endemic behavior of HUS and its high incidence, these data show that the rate of STEC-positive cases is low among BD patients. However, the early recognition of STEC-positive cases is important for patient monitoring and initiation of supportive treatment.

Resumen En Argentina, el síndrome urémico hemolítico asociado a Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC-SUH) es endémico y, desde 2000, de notificación obligatoria. Sin embargo, la información sobre diarrea sanguinolenta (DS) asociada a STEC (DS-STEC) es limitada. Se realizó un estudio prospectivo desde octubre de 2018 hasta junio de 2019 en siete hospitales de tercer nivel y 18 unidades de referencia de diferentes provincias argentinas, con el objetivo de determinar la frecuencia de casos de DS-STEC en 714 niños de 1 a 9 años que tuvieron DS (I) y la tasa de progresión de DS a SUH en dicha cohorte (II). También se evaluó el número y distribución regional de casos de STEC-SUH en los mismos hospitales en dicho período. Veintinueve casos de DS (4,1%) fueron STEC-positivos, determinados por Shiga Toxin Quik Chek (STQC) o PCR múltiple (mPCR). Las frecuencias más altas se encontraron en el sur del área relevada (Neuquén, 8,7%; Bahía Blanca, 7,9%), en niños de 12 a 23 meses (8,8%), en verano. Cuatro casos de DS-STEC (13,8%) progresaron a SUH, de tres a nueve días después del inicio de la diarrea. Se registraron 27 niños con STEC-SUH, estos fueron mayoritariamente <5 anos (77,8%) del sexo femenino (51,9%). El 44% de estos casos fueron Stx-positivos por STQC y todos por mPCR. Los serotipos más comunes fueron O157:H7y O145:H28, y el genotipo predominante fue stx2a, solo o asociado, en DS y SUH. Considerando el comportamiento endémico del SUH y su alta incidencia, estos datos muestran que la tasa de casos de DS-STEC es baja. Sin embargo, su reconocimiento temprano es importante para el seguimiento e inicio del tratamiento de sostén.

Primer reporte de Escherichia coli diarreogénica en población pediátrica ambulatoria con diarrea atendida en la ciudad de La Plata, Argentina / First report of diarrheagenic Escherichia coli in pediatric outpatient population with diarrhea in La Plata, Argentina

Resumen Escherichia coli diarreogénica comprende un grupo heterogéneo de cepas que presentan diversos factores de virulencia y causan diferentes síndromes diarreicos. Los patotipos más estudiados son Escherichia coli enteropatogénica (EPEC), Escherichia coli enterotoxigé-nica (ETEC), Escherichia coli enteroagregativa (EAEC), Escherichia coli enteroinvasiva (EIEC) y Escherichia coli productora de toxina Shiga (STEC). El objetivo de este estudio fue estimar la frecuencia de infección de los diversos patotipos de E. coli diarreogénica en una población pediátrica ambulatoria con diarrea, atendida en el Hospital Sor María Ludovica de La Plata, Argentina, durante el período mayo-octubre de 2017. Los patotipos fueron detectados mediante la amplificación molecular de ocho genes de virulencia característicos. Se estudiaron las heces de 211 ninos (76% menores de 5 años). Se detectó infección con E. coli diarreogénica en el 12,3% (n = 26/211) de los niños con diarrea. Los patotipos identificados fueron EAEC, ETEC (todos lt positivos), EPEC y STEC (stx2 y eae positivos). El patotipo EAEC fue prevalente en todos los grupos etarios, mientras que los patotipos ETEC, EPEC y STEC solamente se observaron en niñnos menores de 5 anños. Este estudio constituye el primer reporte de detección por técnicas de amplificación molecular de Escherichia coli diarreogénica en una población pediátrica ambulatoria con diarrea, de la zona de La Plata. Se necesitan estudios más amplios que incluyan la caracterización de los aislamientos abarcando un mayor número de genes, controles asintomáticos, distintas épocas del ano y población de diversas áreas geográficas para esclarecer la relevancia de la infección por E. coli diarreogénica en niños de Argentina.

Abstract Diarrheagenic Escherichia coli is a heterogeneous group of strains that presents various virulence factors and causes different diarrheal syndromes. The most studied pat-hotypes are enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC), enteroaggregative Escherichia coli (EAEC), enteroinvasive Escherichia coli (EIEC) and Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC). The objective was to estimate the frequency of infec-tion of diarrheagenic E. coli pathotypes in children with diarrhea, attended at the Sor María Ludovica Hospital in La Plata, Argentina, during the period May-October 2017. E. coli pathotypes were detected by molecular amplification of eight characteristic virulence genes. The feces of 211 children (76% under 5 years) were studied. Infection with diarrheagenic E. coli was detected in 12.3% of the samples. The pathotypes were EAEC (10.43%), ETEC (1.42%, all of them positive for thermolabile toxin), EPEC (0.95%) and STEC (0.47%, positive for Shiga toxin 2). The EAEC pathotype was prevalent in children of all age groups, while ETEC, EPEC and STEC were only observed in children under 5 years of age. This study constitutes the first report of diarrheagenic Escherichia coli detection in an outpatient pediatric population with diarrhea from La Plata, using molecular amplification techniques. Broader future studies, including the charac-terization of the isolates with the largest number of genes, asymptomatic controls, different times of the year and population from different geographic areas will be necessary to clarify the relevance of diarrheagenic E. coli infection in children from Argentina.

Estudio multicéntrico argentino sobre la utilidad del panel de neumonía de FilmArray® / Argentine multicenter study on the utility of the FilmArray® pneumonia panel

Resumen Las infecciones de las vías respiratorias inferiores se encuentran entre aquellas en las que el uso inadecuado de antimicrobianos es frecuente, por lo que es fundamental contar con una prueba diagnóstica rápida, sensible y específica. El sistema de FilmArray es un análisis de PCR múltiple con un panel de neumonía que incluye 26 microorganismos y 7 marcadores de resistencia antimicrobiana. Los objetivos de este estudio fueron: a) establecer la correlación entre los cultivos cuantitativos para agentes bacterianos de muestras de vías respiratorias inferiores (MRVB) y la detección fenotípica de mecanismos de resistencia con los correspondientes resultados de FilmArray; b) determinar el cambio terapéutico generado con el informe del resultado inmediato. Se incluyó un total de 194 MRVB correspondientes a 191 pacientes con neumonía y se documentaron 277 bacterias. FilmArray identificó 253/277 (91%) bacterias y 161/277 (58%) se aislaron del cultivo, 58 (23%) coincidieron con el mismo recuento, 116 (46,7%) dieron mayores recuentos con FilmArray y 72 (28,9%) fueron detectadas por este método pero el cultivo fue negativo. Se detectaron marcadores de resistencia antimicrobiana en 63 aislados, pero solo 28 fueron confirmados por métodos fenotípicos. Estos resultados podrían haber provocado cambios en el tratamiento antibiótico en el 74,6% (174/194). FilmArray es una herramienta útil para optimizar el tratamiento antimicrobiano en pacientes con neumonía.

Abstract Lower respiratory tract infections are among those in which the inappropriate use of antimicrobials is common, so it is essential to have a rapid, sensitive and specific diagnostic test. The FilmArray system is a multiplex PCR assay with a pneumonia panel that includes 26 microorganisms and 7 antibiotic resistance markers. The objectives of this study were: a) to establish the correlation between quantitative cultures for bacterial agents from lower respiratory tract samples (MRVB) and the phenotypic detection of resistance mechanisms with the corresponding results of FilmArray b) to determine the therapeutic change generated with the immediate result report. A total of 194 MRVB corresponding to 191 patients with pneumonia were included and 277 bacterial strains were documented. FilmArray identified 253/277 (91%) bacteria and 161/277 (58%) were isolated from culture, 58 (23%) matched the same count, 116 (46.7%) yielded higher counts with FilmArray, and 72 (28.9%) with negative culture were detected by this method. Antibiotic resistance markers were detected in 63 strains, but only 28 were confirmed by phenotypic methods. These results may cause changes in the antimicrobial treatment in 74.6% (174/194). FilmArray is a useful tool to optimize antimicrobial therapy in patients with pneumonia.

Resumo As infecções do trato respiratório inferior estão entre aquelas em que o uso inadequado de antimicrobianos é comum, por isso é essencial um teste diagnóstico rápido, sensível e específico. O sistema FilmArray é um ensaio de PCR multiplo com um painel de pneumonia que inclui 26 microrganismos e 7 marcadores de resistência antimicrobiana. Os objetivos deste estudo foram: a) estabelecer a correlação entre as culturas quantitativas de agentes bacterianos de amostras do trato respiratório inferior (MRVB) e a detecção fenotípica de mecanismos de resistência com os resultados correspondentes do FilmArray b) determinar a alteração terapêutica gerada com o relatório de resultado imediato. Um total de 194 MRVB correspondendo a 191 pacientes com pneumonia foram incluídos e 277 cepas bacterianas foram documentadas. FilmArray identificou 253/277 (91%) bactérias e 161/277 (58%) foram isoladas da cultura, 58 (23%) coincidiram com mesma contagem, 116 (46,7%) deram contagens mais altas com FilmArray e 72 (28,9%) foram detectados por este método, mas a cultura foi negativa. Marcadores de resistência antimicrobiana foram detectados em 63 cepas, mas apenas 28 foram confirmados por métodos fenotípicos. Esses resultados puderam causar alterações no tratamento antibiótico em 74,6% (174/194). FilmArray é uma ferramenta útil para otimizar a terapia antimicrobiana em pacientes com pneumonia..

Detección y caracterización de Escherichia coli productor de toxina Shiga en ninos atendidos en un hospital pediátrico interzonal de la ciudad de La Plata / Detection and characterization of Shiga toxin-producing Escherichia coli in children treated at an inter-zonal pediatric hospital in the city of La Plata

Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC) es un patógeno transmitido por alimentos que puede causar diarrea acuosa, diarrea sanguinolenta (DS) y síndrome urémico hemolítico (SUH). El objetivo de este estudio fue determinar las características fenotípicas y genotípicas de cepas STEC aisladas de niños con DS y SUH atendidos en un hospital pediátrico de la ciudad de La Plata en el período 2006-2012 y establecer la relación clonal de los aislamientos O157: H7 mediante electroforesis de campo pulsado. El porcentaje de muestras positivas fue de 4,9 y 39,2% en los pacientes que presentaron DS y SUH, respectivamente. Se aislaron 77 cepas STEC de 10 serotipos distintos, con el 100% de recuperación de colonias. El serotipo más frecuente fue O157: H7 (71,4%), seguido por O145: NM (15,6%). El 98,2% de los aislamientos O157: H7 correspondió al biotipo C y fue sensible a los antibióticos ensayados. Todos esos aislamientos presentaron el genotipo stx2, eae, fliC H7, ehxA, iha, efa, toxB, lpfA1-3 y lpfA2-2.Al estudiar la relación clonal de las cepas O157: H7, se identificaron un total de 42 patrones con al menos un 88% de similitud y se establecieron 6 clústeres que agruparon cepas con perfiles idénticos. Los aislamientos eae negativos pertenecieron a los serotipos O59: H19, O102: H6, O174: NM y O174: H21. Las cepas O59: H19 y O174: H21 fueron positivas para el gen aggR. Este estudio muestra que en la ciudad de La Plata y alrededores circulan STEC de diferentes serotipos y genotipos. A pesar de la diversidad genética observada entre los aislamientos O157: H7, algunos fueron indistinguibles por las técnicas de subtipificación utilizadas.

Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) is a foodborne pathogen that can cause watery diarrhea, bloody diarrhea (BD), and hemolytic uremic syndrome (HUS). The objective of this study was to determine the phenotypic and genotypic profiles of STEC strains isolated from children with BD and HUS treated at a pediatric hospital in the city of La Plata in the period 2006-2012, and to establish the clonal relationship of O157: H7 isolates by pulsed field electrophoresis. The percentage of positive samples was 4.9% and 39.2% in patients with BD and HUS, respectively. Seventy-seven STEC strains from 10 different serotypes were isolated, with 100% colony recovery, O157: H7 being the most frequent (71.4%) serotype, followed by O145: NM (15.6%). An average of 98.2% of O157: H7 isolates belonged to biotype C and were sensitive to all the antibiotics tested. All of them (100%) carried genotype stx2, eae, fliC H7, ehxA, iha, efa, toxB, lpfA1-3 and lpfA2-2. When the clonal relationship of the O157: H7 strains was studied, a total of 42 patterns with at least 88% similarity were identified, and 6 clusters with identical profiles were established. The eae-negative isolates belonged to serotypes O59: H19, O102: H6, O174: NM and O174: H21. The strains O59: H19 and O174: H21 were positive for the aggR gene. This study shows that STEC of different serotypes and genotypes circulate in the city of La Plata and surroundings. Despite the genetic diversity observed between the O157: H7 isolates, some were indistinguishable by the subtyping techniques used.

Evaluación de los sistemas comerciales automatizados VITEK 2 y API 20NE para la identificación de organismos del complejo Burkholderia cepacia aislados de muestras clínicas / Evaluation of commercial systems VITEK 2 and API 20NE for identification of Burkholderia cepacia complex bacteria from clinical samples

Las especies del complejo Burkholderia cepacia (CBC) son capaces de causar infecciones crónicas del tracto respiratorio en pacientes con fibrosis quística y en otros individuos inmunocomprometidos. La mayoría de estas especies exhiben alta resistencia a la terapia antibiótica, lo que genera la necesidad de una detección rápida y precisa para poder implementar estrategias de control adecuadas. En este trabajo se utilizó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para amplificar el gen recA (PCR-recA), con el fin de identificar microorganismos pertenecientes al CBC. Con este método molecular como referencia, se evaluó la sensibilidad (S) y la especificidad (E) de dos sistemas de identificación comerciales automatizados, VITEK 2 y API 20NE (bioMérieux®), así como también el valor de las pruebas bioquímicas manuales más representativas para la identificación de estos microorganismos. El método VITEK 2 presentó una S del 71,1 % y una E del 100 %; para el método API 20NE, estos valores fueron 69,7 % y 90,2 %, respectivamente. En cuanto a las pruebas fenotípicas manuales, los resultados obtenidos fueron más heterogéneos, lo que posiblemente se deba a que estas bacterias podrían sufrir presión selectiva para sobrevivir en pacientes crónicos y perder factores fenotípicos característicos. La técnica de PCR-recA resultó de fácil implementación, por lo que cabe considerar a esta técnica de identificación como una opción viable, aun en laboratorios de diagnóstico clínico de mediana complejidad.

Species belonging to the Burkholderia cepacia complex (BCC) are capable of causing chronic respiratory tract infections in patients suffering from cystic fibrosis as wel as in immunocompromised individuals. Most of these species are highly resistant to antibiotic therapy, generating the need for their rapid and accurate detection for the proper treatment and clinical management of these patients. In this wok, the polymerase chain reaction (PCR) technique based on the amplification of the recA gene (PCR-recA) was applied for an accurate identification of bacteria belonging to the BCC. Sensitivity (S) and specificity (E) of two biochemically-based commercial automated systems, API 20NE and VITEK 2 (bioMérieux®), and of the most representative biochemical manual tests for the identification of the Burkholderia cepacia complex were herein evaluated. The commercial systems VITEK 2 and API 20NE showed the following sensitivity and specificity vaues for identification to the species level, S: 71.1 %, E: 100 %, S: 69.7 %, E: 90.2 %, respectively. More complex results were observed for phenotypic manual tests, since BCC bacteria can undergo selective pressure to survive in chronic patients causing the loss of their typical phenotypic characteristics. The PCR-recA technique was easy to implement even in medium-complexity clinical diagnostic laboratories.

Etiología bacteriana de la diarrea aguda en pacientes pediátricos / Bacterial etiology of acute diarrhea in pediatric patients

La diarrea aguda es una causa importante de morbilidad y mortalidad en países en desarrollo. Sólo requiere tratamiento antimicrobiano en situaciones puntuales y el uso adecuado de los mismos depende del conocimiento previo de la epidemiología local. Para conocer estos parámetros se estudiaron en forma retrospectiva los resultados bacteriológicos de 7.075 muestras de materia fecal de niños ambulatorios hasta 15 años, en el período 2001-2003, atendidos en el Hospital de Niños de La Plata. Se aislaron 1.221 bacterias enteropatógenas (17,26%). Los patógenos identificados por métodos estándar fueron: Shigella flexneri(27%), Shigella sonnei(21,2%), Campylobacterspp. (30,1%), Aeromonas spp.(9,4%), Salmonella spp. (5,4%), Escheríchia coli enteropatógena (5,7%), Escheríchia coli enteroinvasiva (0,9%) y Escheríchia coliO157 (0,4%). No se aislaron cepas de Shigella dysenteriae, Shigella boydii ni Yersinia spp. Las cepas de Shigella flexneri presentaron una alta resistencia: ampicilina (92,4%, 89,2% y 91,9%), cotrimoxazol (51,5%, 50% y 44,4%) y cloranfenicol (73,8%, 85,9% y 79,2%) en 2001, 2002 y 2003, respectivamente. En el caso de Shigella sonnei, la resistencia a ampicilina fue menor (39,4%, 20,6% y 12,9%), la resistencia a cotrimoxazol fue similar (60,6%, 54,3% y 38,7%) y para cloranfenicol mucho menor aún (6%, 2,9% y 3,3%) en los mismos años. No se aislaron cepas resistentes a ciprofloxacina, nitrofuranos ni cefalosporinas de tercera generación en el período de estudio.

Acute diarrhea is an important cause of morbidity and mortality in developing countries, and in some cases, it requires antimicrobial therapy .The use of antibiotics needs a previous knowledge of local epidemiology. In order to know these parameters, the result of enteropathogenic bacteria isolated from 7.075 fecal samples from ambulatory patients up to 15 years old, assisted at the Hospital de Niños de La Plata from 2001 to 2003 was retrospectively studied. A total of 1,221 enteropathogenic bacteria were isolated (17.26%). The pathogens identified by standard methods were Shigella flexneri (27%), Shigella sonnei (21.2%), Campylobacter spp.(30.1%), Aeromonas spp.(9.4%), Salmonella spp. (5.4%), enteropathogenic Escherichia coli ( 5.7% ), enteroinvasive Escherichia coli (0.9%) and Escherichia coli 0157 (0.4%). Strains from Shigella dysenteriae, Shigella boydii and Yersinia spp were not isolated in this study. Shigella flexneri strains were resistant to ampicillin (92.4%, 89.2%, 91.9%), cotrimoxazole (51.5%, 50%, 44%) and chloramphenicol (73.8%, 85.9%, 79.2%) for 2001, 2002 and 2003 respectively. Shigella sonnei strains were resistant to ampicillin (39.4%, 20.6%,12.9%), cotrimoxazole (60.6%, 54.3% 38.7%) and chloramphenicol (6%, 2.9%, 3.3%) for each year. Strains resistant to ciprofloxacin, nitrofurans and third generation cephalosporins were not isolated.

Etiología de la diarrea aguda bacteriana en pacientes pediátricos ambulatorios / Etiology of bacterial acute diarrhoea in ambulatory pediatric patients

La diarrea aguda es una causa importante de la morbilidad y mortalidad en países en desarrollo y en pocos casos requiere tratamiento antimicrobiano. El correcto uso de estos depende del conocimiento previo de la epidemiología local. Para conocer estos parámetros estudiamos en forma retrospectiva los resultados de las bacterias enteropatógenas aisladas en la ciudad de La Plata. Se estudiaron 7.075 muestra de materia fecal de niños ambulatorios hasta 15 años, recibidas entre enero de 2001 y diciembre 2003. Se aislaron 1.221 bacterias enteropatógenas (17,26%): Los patógenos identificados por métodos estándar fueron shigella flexneri (27%), shigella sonnei(21,2%), campylobacter spp (30,1%), aeromonas spp (9,4%), salmonella spp (5,4%), escherichia coli enteropatogena (5,7%), escherichia coli enteroinvasiva (0,9%) y escherichia colli O157 (0,4%). No se aislaron cepas shigella dycenteriae, shigella boydii ni Yersinia spp en el curso de este estudio. Las cepas de shigella flexneri presentaron una alta resistencia en los tres años: ampicilina (92,4%, 89,2% y 91,9%), cotrimoxazol (51,5%, 50% y 44,4%) y cloranfenicol (73,8%, 85,9% y 79,2%). En el caso de shigella sonnei: ampicilina (39,4%, 20,6% y 12,9%), cotrimoxazol (60,6%, 54,3% y 38,7%) y cloranfenicol (6%, 2,9% y 3,3%). No se aislaron cepas resistentes a ciprofloxacina, nitrofuranos ni cefalosporina de tercera generación.

Analisis de la resistencia a los antibacterianos en los aislamientos de pacientes internados en el Hospital de Niños Superiora Sor María Ludovica durante el año 2005 / An analysis of the resistance to antibacterials in germs isolated from in patients at the Superiora Sor María Ludovica children's Hospital, 2005

El tratamiento empírico con antibióticos adecuados requiere del conocimiento de la epidemiología bacteriana local. Para ello se realizo un estudio retrospectivo de la sensibilidad a los antibióticos de los microorganismos recuperados durante 2005 de los pacientes internados.Los microorganismos mas frecuentemente aislados fueron: Staphylococcus aureus (S. aureus) (24.1 %), Escherichia coli (E. coli) (15.8 %), Klebsiella pneumoniae (K. Pneumoniae) (12.4%) y Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) (10.1 %). En S. aureus la resistencia a meticilina supero el 40 %, con alto porcentaje de resistencia acompañante a otros antibióticos y total sensibilidad a TMS. La resistencia en E. coli y K. pneumoniae a cefalosporinas de tercera generación llego a niveles alarmantes (34.1% y 60%, respectivamente). P. aeruginosa mostró altos niveles para ceftazidima, carbapenemes y gentamicina (entre el 10% y 20%), mantenido total sensibilidad al colistin.Resulta evidente que el control de la infección Hospitalaria y el uso racional de los antimicrobianos son las únicas alternativas para impedir el incremento de la residencia de las bacterias.

Stenotrophomonas maltophilia, bacilo gram negativo no fermentador aislados de muestras clínicas de pacientes pediátricos / Stenotrophomas maltophilia gram negativ rod isloted ferment with nosocomial of patients infants

Stenotrophomonas maltophilia (SMA) es un bacilo gram negativo no fermentador que causa infecciones en pacientes con defensas disminuidas y/o instrumentados. Se realizó un análisis retrospectivo de los aislamientos obtenidos en el año 2003 en el laboratorio de Bacteriología del Hospital de Niños Sor María Ludovica. Se obtuvieron 64 aislamientos de los cuales 36 fueron de origen respiratorio y 24 de hemocultivos. Tanto su resistencia a carbapenemes como su sensibilidad a TMS son orientadores para su diagnóstico microbiológico. Este perfil asociado a resistencia a otros antibióticos suele plantear problemas terapéuticos severos